A antiguidade da Escola Superior de Saúde, como uma subunidade orgânica da Faculdade de Ciências da Saúde da Universidade Fernando Pessoa, remonta ao ano de 2002.

Após 18 anos integrada, como unidade de ensino politécnico, beneficiando da partilha de recursos materiais e humanos com a universidade, integração essa ratificada e consagrada pelos Estatutos da UFP de 2009, devidamente adaptados ao RJIES –  Regime Jurídicos das Instituições do Ensino Superior (Lei nº 62/2007, de 10 de setembro)- e, como tal, registados pelo ministério da tutela, a avaliação institucional da universidade pela Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior, em 2017-18,  obrigou à autonomização daquela subunidade orgânica como estabelecimento de ensino superior politécnico próprio, ainda que com a mesma entidade instituidora, a Fundação Fernando Pessoa. Essa autonomização aconteceu, em 2020, com o reconhecimento de interesse público da Escola Superior de Saúde da Fundação Fernando Pessoa (ESS-FP) pelo D – L nº 45/2020, de 23 de julho.